综合生物信息学分析鉴定与胃癌预后相关关键基因

作者：唐永曜; 宋晶; 缪诗琪; 蔡璟; 宋方洲^*

来源：陆军军医大学学报, 2022, 44(06): 522-532.

DOI：10.16016/j.2097-0927.202201028

• 生物信息学
• 胃癌
• 预后
• 加权基因共表达网络分析
• 差异共表达基因

目的 综合生物信息学方法分析识别与胃癌预后相关关键基因，探讨其能否作为胃癌预后预测的潜在生物标志物。方法 从美国高通量基因表达(Gene Expression Omnibus, GEO)数据库下载胃癌患者基因芯片数据集(GSE79973)并在癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库中获取胃癌转录组数据和相应临床资料。利用R软件中的Limma和WGCNA程序包筛选差异共表达基因。使用ClusterProfler程序包对差异共表达基因进行GO和KEGG富集分析。采用STRING数据库对差异共表达基因进行蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络分析，并用Cytoscape软件筛选关键基因。通过在线工具GEPIA2验证关键基因的转录表达情况，利用Kaplan-Meier单因素生存分析鉴定与胃癌预后相关的关键基因。最后采用RT-qPCR和免疫组化方法验证预后相关关键基因的差异表达。结果 共筛选出18个差异共表达基因，通过PPI网络分析，识别出10个关键基因(TNFRSF11B、HOXC10、HOXA10、TEAD4、GKN2、GKN1、SALL4、SGK1、ANGPT2、NKX6-2)。生存分析结果显示HOXA10(P=0.014)和ANGPT2(P=0.002)的高表达可能与胃癌患者预后生存较差有关，RT-qPCR和免疫组化结果显示其在胃癌组织中高表达(P<0.05)。结论 HOXA10和ANGPT2是胃癌预后相关关键基因，可作为胃癌临床治疗和预后预测的潜在生物标志物。

• 单位
  基础医学院; 重庆医科大学