胃癌相关长链非编码RNA的生物信息学筛选

作者：李淑娜; 邹国英; 陈淑敏; 李超然; 何姝仪; 张文玲

来源：临床检验杂志, 2015, 33(10): 789-792.

DOI：10.13602/j.cnki.jcls.2015.10.20

• 胃癌
• 长链非编码RNA
• 生物信息学

目的用生物信息学方法筛选胃癌中差异表达的长链非编码RNA。方法于NCBI公共数据平台GEO下载胃癌基因芯片数据GSE33335,用SAM软件对其进行差异表达分析,对差异表达基因进行重注释并筛选其中的长链非编码RNA,用Gene Cluster和Tree View软件对筛选出的长链非编码RNA的表达情况予以验证。结果针对该芯片数据,筛选出胃癌中差异表达的非编码RNA 15个,其中,表达上调的12个,表达下调的3个,这15个非编码RNA表达值倍数均>2或<0.5(q均<0.05)。结论用生物信息学方法筛选胃癌相关的长链非编码RNA是一种非常高效的手段,能为胃癌相关肿瘤标志物的探索提供理论依据。

• 单位
  中南大学湘雅医学院