本发明公开了一种嗜热解糖厌氧杆菌及其在生物制氢中的应用。该嗜热解糖厌氧杆菌的名称为嗜热解糖厌氧杆菌MJ1,保藏号为GDMCC#No:60096,于2016年10月31日保藏于位于中国广东省广州市先烈中路100号大院59号楼5楼广东省微生物研究所的广东省微生物菌种保藏中心。该菌株具有如下优点:可以直接利用五碳糖和六碳糖;可以直接利用酸预处理液中的木糖,不需要额外的酸预处理液解毒过程;具有较高的氢气产量;具有较高的产氢效率。因此,该菌株在生物制氢中具有广阔的应用推广前景。