刑事案件跨境电子数据的取证中面临着两个难点:电子数据侦查与公民个人信息保护之间的冲突、跨境电子取证与司法管辖权之间的冲突。应平衡案件侦查与公民个人信息保护之间的关系,建立网络服务商义务协助机制、完善公民个人信息保护的相关法律。平衡跨境电子取证与司法管辖权之间的关系,在坚持我国司法主权独立的基础上加强跨境电子数据取证的合作,基于公民隐私程度、案件危害程度、不同对象、取证阶段等因素建立分层次的电子数据跨境取证模式。跨境电子数据取证中保证各类电子数据的完整性,提高侦查技术水平。