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摘要
为从分子水平上探究柴达木牛的母系遗传多样性、群体结构、遗传背景及与我国北方其他黄牛品种间的遗传关系，本研究对265头柴达木牛个体mtDNA D-loop区全序列进行测定，并从GenBank下载了我国北方13个其他地方黄牛品种(群体)的206条相应序列，以雷州牛为参照对15个黄牛品种(群体)的480条mtDNA D-loop区序列进行综合分析。结果表明：柴达木牛mtDNA D-loop区核苷酸序列长度在909～916 bp之间，排除插入/缺失后多序列比对分析共检测到86个核苷酸多态位点，包括15个单一多态位点和71个简约信息位点；依据序列间核苷酸变异在柴达木牛中共确定了56种单倍型。遗传多样性分析表明，柴达木牛具有丰富的母系遗传多样性，其单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.957 3±0.004 1和0.161 6±0.080 5；品种内大柴旦、茫崖、都兰3个群体相比乌兰、格尔木2个群体具有更高的遗传变异，母系遗传多样性水平更高。遗传分化分析表明，柴达木牛品种内群体间存在不同程度的遗传分化(FST=0.0202～0.1928)，但各群体间分化程度整体水平较高，部分群体间达到中等及中等以上分化程度。系统发育分析表明，柴达木牛由2个母系支系组成，包含普通牛T1～T5和瘤牛I1 6种单倍型组，但以T2和T3单倍型组为主，拥有普通牛和瘤牛混合血统，但受到约0.75%的牦牛基因渐渗影响。聚类分析显示，柴达木牛与蒙古牛、秦川牛遗传关系最近，与安西牛、延边牛、长白山牛、沿江牛、西藏牛品种(群体)间聚类关系较近，与哈萨克牛、阿尔泰牛、临夏牛、武威牛亲缘关系较远，而与阿沛甲咂牛、日喀则牛、雷州牛遗传关系最远。
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