跨行政区划检察院刑事检察管辖改革存在合法性不足、体制机制欠缺、管辖范围冲突等问题。要突破跨行政区划检察院刑事检察管辖改革的困境,必须明确改革方向,通过立法夯实合法性基础,理顺双重管理体制,同时科学规划刑事案件管辖范围,将交通运输、环境资源等专业案件,专业、专门司法机关管辖案件,跨省重大刑事案件等纳入管辖,协作配合妥善解决管辖冲突问题。