结合PCA和GWAS解析甘蓝型油菜株型相关性状的遗传调控位点

作者：张旭; Luqman Bin Safdar; 唐敏强; 刘越英; 张园园^*; 刘胜毅

来源：中国油料作物学报, 2021, 43(03): 462-469.

DOI：10.19802/j.issn.1007-9084.2020032

• 植物株型
• 甘蓝型油菜
• 主成分分析
• 全基因组关联分析

作物株型改良是提高收获指数和产量的重要途径,为了解其复杂的遗传调控机制,以373份甘蓝型油菜组成的自然群体为基础,对4个株型相关性状(株高、第一分枝高度、有效分枝数和主花序长度)进行多环境下表型鉴定,组合利用全基因组关联分析(GWAS)和主成分分析(PCA)方法对株型的遗传调控进行解析。研究表明,PCA可以合理地解释株型的相关表型,基于主成分的GWAS和基于单个性状的GWAS的结果可互相验证和互为补充,挖掘更多的调控位点和信息。进一步,从染色体A01、A10和C06中筛选到19个株型相关的候选基因,其中,位于染色体C06上的两个候选基因跟PC1-GWAS鉴定到的新位点相关。此方法和结果为株型等复杂性状的形成机制解析提供了新的思路和策略。

• 单位
  中国农业科学院油料作物研究所