基于TCGA数据库分析HMGB1在结肠癌中的表达及临床意义

作者：梁宇堃; 陈良全; 赵贵君^*

来源：内蒙古医学杂志, 2023, 55(04): 385-390.

DOI：10.16096/J.cnki.nmgyxzz.2023.55.04.001

• HMGB1
• 结肠癌
• TCGA数据库
• GSEA
• 信号通路

目的 运用癌症基因组图谱(TCGA)数据库，探究高迁移率族蛋白B1(high mobility group box 1, HMGB1)在结肠癌组织样本和正常组织样本中的表达情况，挖掘其与结肠癌临床特征的相关性。方法 运用生物信息学方法从TCGA数据库中获取结肠癌(COAD)患者HMGB1的表达数据及临床资料。运用R.4.2.2软件和Strawberry Perl 5.30.0.1软件分析HMGB1在结肠癌和正常组织样本之间的表达差异。运用R语言分析HMGB1表达量与临床资料的相关性，绘制Kaplan-Meier曲线进行生存分析，并利用单基因富集分析(ssGSEA)法富集HMGB1在结肠癌中所参与的信号通路。结果 (1)HMGB1在14种癌症及正常组织间的表达差异有统计学意义(P<0.05)。(2)总计下载结肠癌组织样本476例、正常结肠组织样本41例。与正常组织样本相比，结肠癌组织样本中HMGB1表达量明显升高，差异具有统计学意义(P<0.001)。(3)HMGB1的表达与M分期和Stage分期相关。(4)HMGB1的表达与结肠癌患者的生存时间无明显相关。(5)ssGSEA结果显示，HMGB1主要参与RNA降解、Nod受体信号通路、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、P53信号通路、错配修复、Wnt信号通路、ErbB信号通路、嘌呤代谢、MAPK信号通路、T细胞受体信号通路、DNA复制等多条通路。结论 HMGB1在结肠癌中高表达，参与结肠癌发生发展的多条通路，与其恶性程度息息相关。HMGB1可作为判断结肠癌的标志物，并有望成为结肠癌靶向治疗的新方向。

• 单位
  内蒙古科技大学包头医学院; 内蒙古自治区人民医院