基于GEO芯片数据的肝癌特征基因生物信息学及预后关联性分析

作者：郁乐; 张轶雯; 辛文秀; 潘宗富; 钟里科; 黄萍^*

来源：中国现代应用药学, 2019, 36(17): 2177-2182.

DOI：10.13748/j.cnki.issn1007-7693.2019.17.012

• 肝癌
• 差异表达基因
• 生物信息学分析
• 关键基因

目的通过生物信息学方法利用GEO芯片数据分析肝癌组织中的特征基因及预后的相关性。方法在GEO数据库中获取肝癌芯片数据,并利用GEO2R工具分析肝癌组织与正常肝组织之间的差异表达基因;利用GO数据库和KEGG数据库对差异表达基因进行富集和功能注释;基于STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互相作用网络(protein-proteininteraction,PPI),分析其关键基因;用在线工具KaplanMeier-Plotter对这些关键基因进行生存分析;用The Human Protein Atlas数据库对这些关键基因在肝癌组织中的蛋白质表达进行免疫组化分析。结果共鉴定出338个差异表达基因,其中97个为上调基因,241个为下调基因。其中上调的差异表达基因显著富集在细胞核有丝分裂、细胞分裂、有丝分裂成对染色单体分离、成对染色单体凝聚等生物过程;下调的差异表达基因显著富集在环氧化酶P450途径、氧化还原过程、外源性药物分解代谢过程等生物过程。根据PPI网络,对关键模块的24个关键基因进行鉴定,发现这些关键基因的高表达与肝癌患者的生存率低有相关性,并截取关键差异表达基因免疫染色代表性图像。结论本研究发现的关键差异基因有助于更全面地了解肝癌发生的分子机制,可作为肝癌预后的生物标志物以及潜在的肝癌治疗分子靶点。

• 单位
  浙江省肿瘤医院; 浙江中医药大学