血管平滑肌细胞泡沫化进程差异LncRNA的筛选与分析

作者：黄艳; 冯习^*; 黄方舟; 胡亮

来源：中国医药导报, 2020, 17(33): 18-198.

• 长链非编码RNA
• 动脉粥样硬化
• 血管平滑肌细胞
• 氧化低密度脂蛋白

目的通过高通量测序获得血管平滑肌细胞(VSMCs)转录谱,筛选VSMCs泡沫化进程中差异表达的主要长链非编码RNA(LncRNA)转录本,并对筛选得到的差异表达LncRNA进行功能预测及分析。方法经氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)处理的家兔平滑肌细胞(浓度为80 mg/mL,24 h)为实验组,对照组无处理。收集实验组和对照组细胞,提取RNA进行质检并进行RNA-seq测序。收集测序结果中差异表达水平显著的LncRNA转录本,利用生物信息学工具预测差异表达LncRNA的潜在靶基因,并通过在线数据库对靶基因功能基因预测以探究筛选到的LncRNA与动脉粥样硬化(AS)相关性。结果 RNA提取的浓度和质量符合LncRNA测序要求。通过测序质量评估确定LncRNA在细胞中单个碱基位置测序错误率均<0.1%,测序的结果合格可靠。经筛选得到28个差异显著表达LncRNA,其中显著上调的转录本包括以下7个:TCONS01701109、TCONS02288701、TCONS02636927、TCONS00846803、 TCONS02499900、 TCONS02236116、 TCONS02225105;表达显著下调的包括以下5个:TCONS01803508、TCONS02523114、TCONS00489746、TCONS02443383、TCONS01645487。结论ox-LDL对VSMCs中的LncRNA表达水平有显著影响,本研究得到的差异表达LncRNA转录本可能参与了AS相关疾病的形成和发展,并且可能为后续研究提供了重要备选靶基因。

• 单位
  长沙市第四医院