一个木薯候选STK类抗病基因的分离及其生物信息学分析

作者：陈奕鹏; 李超萍; 樊春俊; 时涛; 李博勋; 黄贵修

来源：热带农业科学, 2016, 36(12): 27-32.

DOI：10.12008/j.issn.1009-2196.2016.12.006

• 木薯
• 候选抗病基因
• 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶

根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类(STK)结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计了1对简并引物,以细菌性萎蔫病抗/感木薯种质E1340和GR911基因组DNA为模板,通过PCR扩增,均获得大小约0.5 kb的扩增片段。两个片段纯化、克隆、测序后获得完全一致的505 nt序列,比对发现,木薯种质AM560带有和该序列高度同源的核苷酸片段。对包括同源片段上下游各约2.0 kb的大片段序列进行基因预测,获得1个有4个外显子、ORF全长1866 nt的预测基因,命名SSK1。序列分析表明,该基因编码621 aa,有细胞壁受体激酶结合、偶联位点和8个跨膜结构域,具有典型的STK类抗病基因的保守结构,是一个候选的抗病基因,可能在木薯抗病反应中发挥重要作用。

• 单位
  农业部; 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所