应用生物信息学方法筛选与早期胃癌预后相关的核心基因

作者：邓建忠; 刘秀玲; 陆文斌; 张华; 李文晶; 吴颉; 刘迁^*

来源：山东医药, 2021, 61(10): 1-5.

• 早期胃癌
• 生物信息学方法
• 核心基因
• 预后

目的应用生物信息学方法筛选与早期胃癌预后相关的核心基因。方法以"early gastric cancer,Homo"为关键词,从GEO数据库中下载人类早期胃癌基因芯片数据集(GSE3438、GSE55696)。利用GEO2R在线分析工具筛选早期胃癌组织与正常胃组织的差异表达基因(DEGs),采用维恩图确定GSE3438、GSE55696数据集的交集基因。利用生物学信息注释数据库DAVID对早期胃癌DEGs进行GO功能注释和KEGG富集分析。应用STRING在线数据库,以medium confidence>0.4为条件构建DEGs的蛋白质相互作用网络,并通过Cytoscape的CytoHubba插件按基因节点的连接度筛选前6位核心基因。以核心基因mRNA表达的最佳截断值为临界值,将早期胃癌患者分为高表达者与低表达者,比较不同表达者的总生存期(OS)。结果从GSE3438、GSE55696数据集中共获取30个DEGs,其中表达上调基因11个、表达下调基因19个。GO功能注释显示,早期胃癌的DEGs主要存在于细胞外外来体的细胞学组分,介导烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)或烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP)为受体的氧化还原酶活性的生物学功能,参与细胞增殖调控的生物学过程。KEGG富集分析显示,DEGs主要参与糖酵解和糖异生以及细胞色素P450信号通路的调控。通过Cytoscape的CytoHubba插件按基因节点的连接度筛选前6位核心基因,分别为CDKN2A、ANXA2、CTSB、ATF3、CD59、CCND2。ANXA2高表达者中位OS高于ANXA2低表达者,CTSB高表达者中位OS低于CTSB低表达者(P均<0.01);CCND2、CD59、ATF3、CDKN2A不同表达者中位OS比较P均>0.05。结论早期胃癌组织存在多种DEGs,其中ANXA2、CTSB表达变化可能与早期胃癌患者预后有关。

• 单位
  江苏大学; 徐州医科大学