灌木柳耐盐SNP位点的快速鉴定与标记开发

作者：教忠意; 田雪瑶; 郑纪伟; 王保松; 何开跃; 何旭东^*

来源：南京林业大学学报(自然科学版), 2023, 47(05): 107-113.

• 柳树
• 耐盐
• 连锁分析
• 特定位点参数扩增测定
• 单核苷酸多态性(SNP)

【目的】对灌木柳(Salix spp.)耐盐相关位点进行快速鉴定并开发单核苷酸多态性(SNP)标记，为耐盐灌木柳早期鉴定与品种选育提供参考。【方法】以耐盐和敏盐灌木柳无性系为亲本材料建立杂交组合，对子代进行盐胁迫并分别构建耐盐和敏盐混池，利用特定位点参数扩增测定(SLAF-seq)技术对亲本及混池进行简化基因组测序，开发多态性SLAF标签并利用SNP-index法进行关联分析。对候选SLAF标签序列进行功能注释，针对SNP位点设计引物并进行重测序验证。【结果】4个样本(含2个亲本及2个混池)SLAF测序平均Q30值为94.36%,GC含量为39.39%,测序深度为48.57×。测序共获得175 468个SLAF标签，其中多态性标签25 675个，占比14.63%。关联分析共筛选出与耐盐性状显著关联的SLAF标签18个，包含25个SNP位点。功能注释显示有6、4、3和1个标签序列分别在Nt、NOG、KEGG和Swiss-Prot数据库中有比对结果。重测序结果表明，开发的10个SNP标记在耐盐个体和敏盐个体间发生了碱基位点的替换，与原SLAF测序结果一致。【结论】本研究利用BSA分析方法结合SLAF测序技术可快速、有效地对目标性状进行初步定位与鉴别，可为柳树功能标记的开发及分子标记辅助育种提供理论依据和技术支持。

• 单位
  南京林业大学; 江苏省林业科学研究院