黔北黑猪肌内脂肪沉积相关基因的筛选

作者：孟金柱; 吴震洋; 安清明; 赵园园^*

来源：浙江大学学报(农业与生命科学版), 2021, 47(06): 797-804.

• 黔北黑猪
• 背最长肌
• 腰大肌
• 差异表达基因
• 脂肪沉积

选取5头12月龄的健康黔北黑猪,屠宰后分别取其背最长肌(longissimus dorsi muscle, LDM)和腰大肌(psoas major muscle, PMM),一部分用于检测总脂肪含量,另一部分用于提取总RNA、建库及测序。将获得的重叠群与猪RefSeq数据库进行比对,获得注释基因。利用DESeq2 1.26.0软件分析差异表达的mRNA,并经GOseq1.15.5软件和KOBAS 3.0软件对差异表达的m RNA进行基因本体(gene ontology, GO)以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路分析;然后通过实时荧光定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction, qRT-PCR)对筛选出的与脂肪沉积相关的候选基因进行验证。结果表明,PMM中的脂肪含量极显著高于LDM(P<0.01)。通过高通量测序,共获得162个差异表达基因,其中66个上调,96个下调。通过GO、KEGG分析并结合功能查找,筛选出6个与脂肪沉积相关的差异表达基因,qRTPCR验证结果显示,LPL、PPARA、COX2、PRKAG2和SCD在LDM和PMM中的表达情况存在显著差异。本研究结果为探究黔北黑猪肌内脂肪沉积的分子机制奠定了基础,也为黔北黑猪的保护、开发和利用提供了实验依据。

• 单位
  湖南农业大学; 铜仁学院