本发明公开了一种燃料电池电堆阴阳极碳纸厚度设计方法,包括:S1、优化燃料电池电堆结构,根据电堆开发方向,明确水板的布置位置;S2、基于阴阳极流道的温度一致原则,建立阴阳极的GDL与MPL的厚度之间耦合关系式。本发明首先根据电堆开发方向,明确水板的布置位置,其次以良好的水管理为输入目标即阴阳极流道的温度一致,再去设计阴阳极的GDL与MPL的厚度设计关系;本发明能够很好的为碳纸的选型提供直接的数据帮助。