甜瓜实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选

作者：章丽珍; 韩晓云; 吴菁华; GefuWANG-PRUSKI; 张志忠^*

来源：福建农业学报, 2020, 35(11): 1179-1187.

DOI：10.19303/j.issn.1008-0384.2020.11.002

• 甜瓜
• 内参基因
• 实时荧光定量PCR
• 组织器官
• 胁迫

【目的】筛选可分别在甜瓜不同组织器官和不同胁迫处理下稳定表达的内参基因,用于对靶基因表达量的实时荧光定量分析,保证相关试验的准确性及可靠性。【方法】以甜瓜品种新银辉为试验材料,通过实时荧光定量PCR技术分析18s rRNA、TUA、EF1a、Actin1、Actin2、Actin3、Actin4、CYC和UBI-ep共9个候选内参基因在甜瓜不同组织器官及不同胁迫处理下的表达稳定性,包括甜瓜根、叶、种子和果实4种不同组织材料,以及水分胁迫、肉桂酸胁迫、盐碱胁迫和ABA胁迫4种处理。同时使用Best-Keeper、Norm Finder和ge Norm软件对9个候选内参基因进行稳定性分析。【结果】对不同组织器官而言,Best-Keeper评估排名前5的内参基因依次为CYC> 18s rRNA>UBI-ep>EF1a>TUA;Norm Finder计算排名前5的内参基因依次为EF1a>UBI-ep>Actin4>CYC>Actin3;ge Norm分析排名前5的基因依次为Actin4=Actin3>Actin1>EF1a>UBI-ep。不同胁迫处理中,Best-Keeper计算排名前5的基因依次为18s rRNA> Actin3> Actin4> EF1a> UBI-ep; Norm Finder分析排名前5的基因依次为EF1a> UBIep>Actin4>CYC>18s rRNA;ge Norm分析排名前5的基因依次为EF1a=UBI-ep>Actin4>CYC>Actin1。总体而言EF1a在不同组织器官和不同胁迫处理中的综合排名均较为稳定;Actin4、Actin3、Actin1和EF1a是不同组织器官中较为稳定的内参基因组合;EF1a和UBI-ep是4种胁迫条件下较稳定的内参基因组合。【结论】EF1a在甜瓜不同组织器官及不同胁迫条件下均可稳定表达,是较为合适的内参基因;同时可通过设置双内参基因进一步降低试验误差。

• 单位
  福建农林大学