苦峪城是明廷长期用来安置因战乱而溃散的哈密卫部众的重地。哈密卫位置特殊,毗邻野乜克力部、吐鲁番等地,从天顺四年到正德八年,哈密卫经历四次袭破,每次袭破都有大批难民寄居苦峪,直到嘉靖八年(1529)明廷一改兴复哈密卫的政策,哈密卫部众内迁嘉峪关内,苦峪才被废弃。在哈密卫安置到苦峪期间,明廷试图通过赈济粮食、农具、以及沿袭卫所原有制度的方式兴复哈密。哈密卫多次内迁苦峪的历程,直接反映了明代西北边情的变化。