猪圆环病毒3型Cap蛋白序列的生物信息学研究

作者：李周勉; 邹亚文; 蒋一凡; 胡意; 秦艺文; 李萌; 湛洋; 王东亮; 王乃东^*

来源：经济动物学报, 2020, 24(01): 9-16.

DOI：10.13326/j.jea.2019.1351

• 猪圆环病毒3型
• Cap蛋白
• 氨基酸突变位点
• 生物信息学

猪圆环病毒3型(PCV3)是一种在世界范围内分布较广泛的新型猪病毒,其发病机制尚不清楚。为系统分析PCV3 Capsid(Cap)蛋白序列和结构特点,收集Gen Bank登录的来自不同国家和地区的210条PCV3全基因组和Cap蛋白基因序列,筛选获得46株PCV3代表序列;采用生物信息学(Bio Edit和MAGE 6.0等)技术分析PCV3 Cap序列同源性、结构特点、系统进化和热点突变位点情况。结果表明:46株PCV3 Cap序列同源性为97.66%～100%,PCV3 Cap预测的8个B细胞和10个T细胞表位中均存在序列突变,其中B细胞抗原表位E (109～146位氨基酸)和T细胞抗原表位D(72～81位氨基酸)存在的突变位点数最多。研究发现26株属于PCV3a,20株属于PCV3b。PCV3与PCV2 Cap序列比较分析发现,PCV3 Cap在NLS区域内有6处突变(R11K、R12K、H26M、R27K、V31A和R34K); PCV3 Cap序列间比对分析发现,PCV3b Cap序列出现突变的几率(17/20,85%)高于PCV3a (19/26,73%)。而从临床表现有繁殖障碍和死胎的样品中检测出的PCV3序列均存在S77T和I150L突变位点;从伴有发热、肺炎的仔猪以及肺匀浆样本检测出的PCV3序列中均有R10K突变位点,这些特定的突变位点与临床症状的关系需后续深入研究。本研究结果为PCV3基因功能、进化、预防和控制等研究提供重要序列信息。

• 单位
  湖南农业大学