肠道菌群可调节toll样受体、血清支链氨基酸(BCAA)水平、胰高血糖素样肽等,参与糖尿病发病。法尼酯衍生物受体(FXR)基因与肠道菌群共同参与导致肥胖,减重可影响肠道菌群。肠道菌群可致血脂升高、非酒精性脂肪性肝病。近年来研究证明肠道菌群与肥胖、2型糖尿病和其他代谢性疾病有密切联系,但是其因果关系不清楚,肠道微生物在这些疾病发生发展中所起的作用及具体机制仍需进一步研究。