基于生物信息学筛选肝细胞癌关键基因及信号通路

作者：徐洪来; 肖敏^*

来源：临床医学研究与实践, 2020, 5(34): 31-36.

DOI：10.19347/j.cnki.2096-1413.202034009

• 生物信息学
• 肝细胞癌
• 基因表达谱
• 基因集富集分析
• 相互作用网络

目的采用生物信息学方法分析肝细胞癌(HCC)基因表达特征,探索HCC发生、发展机制。方法由GEO数据库获取30个HCC组织样本(HCC组)及22个非HCC肝组织样本(对照组)的基因表达谱数据。应用基因集富集分析(GSEA)处理基因表达谱数据;使用GENECODIS软件对差异表达基因进行功能注释;应用Cytoscape软件对差异基因进行相互作用网络分析,筛选核心基因。结果 334个基因集在HCC组表型中表达上调,主要涉及细胞周期调控、RNA代谢、m RNA稳定性调控等生物过程;152个基因集在对照组表型中富集,主要涉及外源性物质代谢、细胞间信号传导等生物过程。通过Cytoscape软件进行相互作用网络分析筛选出HCC组核心基因6个,对照组核心基因5个。结论细胞周期调控、遗传物质代谢等基因的异常表达参与了HCC的发生与发展;HCC细胞的物质、能量代谢等生理功能减退。

• 单位
  钦州市第一人民医院; 柳州市人民医院