基于采后转录组的香菇密码子偏好性分析

作者：邓冰; 贾鸥阳; 杨雨娴; 孟俊龙; 常明昌; 刘靖宇^*

来源：保鲜与加工, 2022, 22(08): 8-15.

• 香菇
• 细胞核基因组
• 密码子偏好性
• 影响因素
• 最优密码子

以香菇基因组数据为基础，对其细胞核基因组的密码子偏好性及偏好性形成因素进行分析。香菇细胞核编码基因的GC含量为48.66%，同义密码子第3位中碱基T(T3s)的出现频率最高（36.07%），同时高表达基因的GC、GC3以及GC3s含量均显著高于基因组水平；相关性分析结果显示基因表达与序列C3s含量、GC3、GC3s、GC含量、C含量以及CAI呈显著正相关；香菇基因组编码序列中共29个高频密码子，结合转录组筛选高表达和低表达基因的基础上鉴定出16个最优密码子；偏好性形成影响因素分析表明，香菇基因组密码子偏好性形成受中性突变和选择压力影响。本研究可以为采后香菇关键基因功能解析，开展香菇采后品质劣变机制研究提供参考。

• 单位
  山西农业大学