高校博士后流动站是一个多输入、多输出的系统。为了对其进行科学有效的管理,构建了博士后流动站的绩效评价指标体系,运用DEA模型分析了博士后流动站投入产出的效率。并以全国35个高校博士后流动站为例,对非DEA有效的流动站进行投影分析,为我国高校博士后流动站的发展及管理重点提出了对策建议以供参考。