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摘要
目的 对深圳市2016—2017年来源于手足口病病例的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)的VP1基因特征进行分析,以阐明其分子流行病学特征。方法 收集2016—2017年深圳地区哨点医院手足口病样本,采用荧光RT-PCR筛选CVA16阳性样本,并从中选取51份样本进行VP1序列的扩增和测序,进而运用MEGA6.02,BioEdit、DNAStar等生物信息学软件对其进行比对和分析。结果 2016—2017年深圳地区CVA16进化群主要分为B1a亚型、B1b亚型,还有新发现的B3亚型。B1b流行株在2016—2017年均有分布(2016年28株,2017年19株)。B1a流行株仅分布于2017年(共2株),此外,还发现2017年深圳有2株B3亚型CVA16流行株。深圳地区2016和2017年的CVA16 B1b亚型与华东地区的JQ341149上海株、KP289416温州株以及华北地区的KU254598北京株亲缘关系较近,2017年的B1a亚型则与我国西南昆明地区的JQ316639Kunmin 2011株和泰国的GQ184139 Tailand 2005亲缘关系较近。其中,B3亚型为中国大陆最新出现的CVA16流行株。进一步将深圳地区2016—2017年CVA16流行株与引起神经症状的CVA16重症株比较,共发现两个氨基酸突变位点,分别为VP1蛋白的S14N和M23L。结论 深圳地区2016年CVA16的流行株为B1b亚型,2017年流行株包括B1a亚型和B1b亚型,以及新发现的B3亚型毒株,相对于引起神经症状的CVA16重症株,深圳2016—2017年CVA16流行株VP1蛋白共有两个氨基酸突变,其中的S14N位点位于线性B细胞表位区。
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