交叉科学研究的新颖性与挑战性并存。交叉科学是当下科学研究在目标与组织上的新常态，但是交叉科学如何实现深度交叉，如何汇聚不同学科背景的研究人员对同一个问题进行多角度融合探索，面临着来自科学研究内部的认知结构与外部的社会结构带来的双重挑战，而两者又常常因为跨学科合作形成的网络认识论而交织在一起，给交叉科学的推进带来困难。不同学科所追求的认知价值有差异，交叉科学中的多元目标和认知价值并不能还原到单一学科之中，成功的交叉科学要整合的是专家网络而不是知识网络。
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