基因集分析方法统计理论探讨

作者：曹文君; 侯国强; 李运明; 张威; 张扬; 陈长生

来源：中国卫生统计, 2013, (04): 484-486.

• 微阵列数据
• 基因集方法
• 统计理论
• Monte Carlo模拟 Microarray data
• Gene set analysis method
• Statistical theory
• Monte Carlo simulation

目的从统计理论角度探讨基因集分析方法,初步建立微阵列数据基因集统计分析理论框架。方法采用计算机模拟技术,比较不同原假设、理论分布生成方法在进行基因集分析时的统计学性质。结果自限性原假设方法ROC曲线下面积AUC为0.858。而竞争性原假设方法曲线下面积AUC为0.512。相同设定条件下,bootstrap方法的错误发现率(最高为0.015)低于permutation检验(最高为0.075);而permutation方法的检验效能(0.89)优于bootstrap法(0.67)。结论有效的基因集分析方法应在正确使用生物学注释基因的基础上,建立自限性原假设、采用基因表达水平标准化值构建基因集统计量...

• 单位
  长治医学院; 中国人民解放军成都军区总医院; 第四军医大学