蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征分析

作者：乔雨; 石凤翎^*; 张雨桐; 钱亚斯; 闫伟; 伊风艳

来源：西北农林科技大学学报(自然科学版), 2020, 48(12): 9-17.

DOI：10.13207/j.cnki.jnwafu.2020.12.002

• 蒙农红豆草
• 花瓣转录组
• 微卫星SSR

【目的】对蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征进行分析,为开发新的分子标记及探明各类性状的遗传机制研究奠定基础。【方法】以蒙农红豆草突变群体中浅色花瓣和紫红色花瓣(对照)为试验材料,通过Illumina HiSeqTM 2000对其进行高通量测序和组装,利用MISA软件对其所有Unigene进行SSR搜索,并对SSR分布及其序列特征进行分析。【结果】在蒙农红豆草转录组数据中共获得53 009条Unigene,其中6 202条Unigene上分布了8 175个SSR位点,每5.86 kb就有1个SSR位点;重复基元数量以三核苷酸为主(49.13%),二核苷酸次之(22.07%);在284种重复基元中以AG/CT类型最高(16.16%),其次为AAG/CTT(14.30%);三核苷酸基元重复次数种类最多(11种),二核苷酸次之(10种)。随着基元重复次数的增加,核苷酸数量减少。蒙农红豆草SSR长度为12～441 bp,主要集中在12～24 bp,其中具有高度多态性潜能的SSR(长度≥20 bp)有3 130条(38.29%)。【结论】蒙农红豆草SSR位点出现频率高、基元类型丰富、分布密度大、多态性潜能高,在红豆草基因定位和分子标记辅助育种等方面具有较大的应用价值。

• 单位
  内蒙古农业大学; 中国科学院; 内蒙古自治区农牧业科学院