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摘要
为了解目前我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株基因组特征，本实验室于2020年从山东某养殖集团不同场区采集7份疑似感染PRRSV的组织样品，进行RT-PCR检测，将阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAM)分离病毒，利用间接免疫荧光试验(IFA)对分离病毒进行鉴定，经PCR对分离株全基因组序列分段扩增，采用生物信息学软件对分离株的ORF5基因及全基因组序列的同源性、NSP2氨基酸序列缺失特征和ORF5氨基酸变异位点及糖基化位点、ORF5基因与全因因组遗传演化关系分析以及全基因组的重组分析。结果显示：7份组织样品均呈PRRSV阳性，其中有6份阳性样品接种猪原代肺泡巨噬细胞(PAM)后产生细胞病变，且通过荧光显微镜可观察到特异性绿色荧光，表明分离到6株PRRSV；对6株PRRSV的全基因组序列扩增、测序、拼接，通过全基因组序列同源性对比发现6株PRRSV全基因序列之间的同源性约99.4%～100%，表明6株PRRSV是同一来源，选择其中1株(SDlz0720株)进行后续分析。序列分析结果显示：SDlz0720株NSP2氨基酸序列均具有“111+1+19aa”的缺失特征，与NADC30-like PRRSV NSP2氨基酸序列缺失特征一致；ORF5氨基酸序列同其他谱系对比在诱骗表位区域、高变区均发生了氨基酸的突变。ORF5基因进化树结果显示，SDlz0720株位于类NADC34-like PRRSV分支，而全基因组进化树结果显示SDlz0720株位于NADC30-like PRRSV分支，属于Sublineage1.8。重组分析结果显示，该株病毒是由NADC30-like PRRSV与HP-PRRSV和NADC34-like PRRSV重组产生。上述结果表明目前我国PRRSV流行株类型多样，美国输入性病毒株与我国本土病毒株发生了复杂的重组现象。本研究通过对PRRSV的分离鉴定与遗传进化分析为PRRSV分子流行病学研究提供了数据支持。
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