杨梅侧生器官边界域基因组鉴定及进化分析

作者：梁健翔; 吴进樟; 张尧; 曹世江^*

来源：森林与环境学报, 2021, 41(02): 172-179.

DOI：10.13324/j.cnki.jfcf.2021.02.008

• 杨梅
• 侧生器官边界域基因组
• 系统进化分析
• 转录因子
• 生物信息学

为探究杨梅侧生器官边界域基因（LBD）在杨梅全基因组中的数量和结构,利用杨梅最新基因组的数据,结合生物信息学的方法对基因蛋白进行结构、系统进化和共线性分析,对杨梅LBD基因家族进行了鉴定,并分析其分子质量和等电点,为今后研究LBD基因家族在杨梅成长过程和逆境调节中的详细功能奠定基础。结果表明,从杨梅基因组中共鉴定出33个杨梅LBD（MrLBD）基因,根据染色体分布对其进行重命名。根据其LBD结构域和系统进化树分析的特征,杨梅LBD家族基因分为ClassⅠ和ClassⅡ两类,各有28个和5个LBD基因。杨梅LBD家族基因的结构并不复杂,其中内含子总数不超过2。在对保守域的研究中,通过对LBD基因进行亚细胞定位、三级结构的同源建模和种内与种间共线性分析,发现同一组的基因往往具有相似的外显子-内含子、基序和蛋白质结构。

• 单位
  福建农林大学