本发明实施例提供一种基于Nextflow的环状核糖核酸自动化分析方法及系统,所述系统包括质量控制模块、比对模块、定量模块、合并去重模块和报告生成模块,其中,每个模块的功能均由设定的一个或多个软件分别独立实现。本发明实施例通过Nextflow框架将多个环状核糖核酸的分析软件进行整合,并对所述多个软件分析出来的结果进行比对、去重和筛选,综合不同软件的分析结果得出最终结果,从而能够获得更加全面,精确的cicRNA预测分析报告。