从万历后期开始 ,闽粤海盗以台湾为根据地 ,频频袭击台湾海峡的过往船只 ,日本、荷兰等国都有窥视台湾的计划。为了驱散台湾海盗及防御日本、荷兰的侵略 ,晚明福建官府有在台湾、澎湖驻军屯垦及设置郡县的计划。郑成功在台湾设置一府二县 ,使这一计划最终实现。本文详细考证了明朝在澎湖、台湾驻军与屯垦的计划及其实施过程。