苏紫猪SLA-1基因多态性及其抗病潜能分析

作者:王泽平; 王飞飞; 张芮铭; 付言峰; 赵为民; 戴超辉; 程金花; 廖超; 李辉*
来源:中国畜牧兽医, 2023, 50(05): 1918-1927.
DOI:10.16431/j.cnki.1671-7236.2023.05.019

摘要

【目的】探究苏紫猪白细胞抗原-1(swine leukocyte antigen-1,SLA-1)基因多态性,并对其抗病潜能进行分析,以期为苏紫猪分子育种提供理论基础。【方法】以苏紫猪血细胞cDNA为模板,用PCR法扩增苏紫猪SLA-1基因并测序,利用DNAStar和Mega 5.0软件分别进行相似性分析及系统进化树构建;利用NetMHCpan 4.1 server分析SLA-1与非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)抗原表位结合的能力及特征;运用生物学软件对其编码蛋白的理化性质、亲/疏水性、跨膜区、结构和功能等进行预测。【结果】试验成功扩增6条苏紫猪SLA-1等位基因序列,分别为SLA-1*sz01、SLA-1*sz02、SLA-1*sz03、SLA-1*sz04、SLA-1*sz05和SLA-1*sz06,其高变异位点主要位于肽结合沟(peptide-binding groove, PBG)α1区和α2区;相似性比对结果显示,6条苏紫猪SLA-1等位基因核苷酸、氨基酸序列相似性分别在92.9%~96.9%、87.0%~94.8%之间,与不同品种猪核苷酸、氨基酸序列相似性分别在92.8%~98.8%、84.3%~98.0%之间;ASFV来源多肽结合能力的预测结果显示,SLA-1*sz01蛋白具有较强的ASFV抗原呈递能力,与ASFV来源B354L蛋白多肽片段FIDKTTVLY具有最高亲和力;SLA-1*sz01蛋白功能域及三级结构预测结果显示,SLA-1*sz01与免疫系统相关,具有经典的SLA-1三级结构。【结论】本研究扩增得到6条苏紫猪SLA-1基因序列,其中SLA-1*sz01能够限制性结合较多的ASFV来源抗原表位多肽,与多肽片段FIDKTTVLY具有最高亲和力,可作为苏紫猪抗病育种的候选基因。研究结果为ASFV疫苗的研发提供参考基础。

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