中国内地和香港地区新型冠状病毒刺突蛋白的基因序列特征及进化分析

作者：王炎钦; 赵瑜

来源：基层医学论坛, 2023, 27(20): 16-62.

DOI：10.19435/j.1672-1721.2023.20.006

• 严重急性呼吸综合征冠状病毒2
• 刺突蛋白(S蛋白)
• 突变

目的 通过分析中国内地和香港地区新型冠状病毒（SARS-Co V-2）刺突蛋白的基因序列及突变特征，了解两地的新冠病毒进化特征，为新冠疫情防控提供技术支持。方法 选取公共数据库中Pango支系、毒株属地、宿主、采样时间等4种指标具有显著性差异的代表性新冠病毒基因序列，采用MEGA软件进行比对和亲缘相似度分析，将参比序列的S片段与2组不同特征序列A和B组基于氨基酸水平进行比对分析并绘制亲缘关系图谱。结果 中国内地和香港地区的132个人源SARS-Co V-2全基因组序列呈现时空差异性；香港BA.2.3支系序列ON026861存在44处位点的独特突变，包含1处位点氨基酸缺失以及2处位点的N、L氨基酸插入；B组序列的S蛋白共有41处突变位点。结论 中国内地和香港地区新冠病毒流行图谱呈现显著的时空层次；相比家养宠物这些动物群体，人依然是发生病毒变异的主要宿主载体，须密切关注果子狸、马蹄蝠等稀有物种，尤其注重海关检疫、动物病毒防控等工作领域。

• 单位
  太原市第三人民医院; 太原市疾病预防控制中心