我国首例输入性裂谷热病例病毒全基因组测序分析

作者：潘阳; 崔淑娟; 陈丽娟; 吕燕宁; 卢桂兰; 孙玉兰; 李洁; 窦相峰; 李锡太; 黎新宇; 王全意

来源：国际病毒学杂志, 2017, 24(01): 1-4.

• 裂谷热病毒
• 全基因组测定
• 二代测序
• 基因变异
• 进化分析

目的对我国首例输入性裂谷热病例病毒进行全基因组测定,分析其进化来源及潜在变异。方法提取样本核酸,非特异性反转录扩增病毒基因组RNA,使用Ion Torrent二代测序仪进行病毒全基因组测定。对获得的基因组数据进行序列拼接、比对、进化树构建和关键位点分析。结果通过测定获得了病毒全基因组11 979nt,该测定病毒属E基因分支,序列与先前南非分离株Kakamas相似度最高(>98%)。病毒Gn蛋白C端信号肽区存在1个氨基酸突变。结论本研究分析测定的裂谷热病毒全基因组与目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出现明显变异。

• 单位
  北京市预防医学研究中心; 北京市疾病预防控制中心