Actinoplanes sp.N902-109全基因组序列测定及分析

作者：黄鹤; 芦现杰; ***

来源：中国抗生素杂志, 2015, 40(03): 171-177.

DOI：10.13461/j.cnki.cja.005506

• Actinoplanes sp.N902-109
• 基因组测序
• 雷帕霉素
• 生物合成基因簇

Actinoplanes sp.N902-109是继吸水链霉菌ATCC292953后分离的第二株能够产生雷帕霉素的放线菌。采用Roche 454GS FLX测序技术和Sanger法PCR测序技术,我们首次完成了Actinoplanes sp.N902-109全基因组序列测定。Actinoplanes sp.N902-109基因组为环状,长度为9228054bp,GC含量71.3%,编码8212个蛋白,其中5460个编码蛋白被注释有明确的生物学功能。应用Anti SMASH和NRPS predictor软件预测基因组中存在22个次级代谢生物合成基因簇,包含首次鉴定的完整的游动放线菌来源雷帕霉素生物合成基因簇。利用Mummer和Mauve软件对N902-109和已公布的游动放线菌属Actinoplanes SE50/11 0和Actinoplanes missouriensis 431两株菌株全基因组进行比较分析。通过Actinoplanes sp.N902-109基因注释和比较基因组学分析,在全基因组水平上了解Actinoplanes sp.N902-109的遗传物质基础,为开展Actinoplanes sp.N902-109的代谢调控研究和遗传重组改造奠定基础。

• 单位
  中国医药工业研究总院; 上海医药工业研究院; 中国科学院上海生命科学院