基于基因表达综合数据库芯片的慢性心力衰竭生物标志物的筛选与生物信息学分析

作者：尤红俊; 赵倩倩; 韩稳琦; 常凤军; 寿锡凌; 刘富强^*

来源：心肺血管病杂志, 2019, 38(11): 1110-1115.

• 慢性心力衰竭
• 生物信息学
• 基因表达综合数据库

目的:对慢性心力衰竭(CHF)患者基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找表达特征基因谱。方法:利用基因表达综合数据库(GEO)中基因芯片数据筛选出CHF信息的芯片。分别采用GO富集分析和KEGG富集分析对差异基因进行功能注释和通路分析。结果:CHF患者外周血样品中9个基因存在差异表达,其中4个(CX3CR1、HSPA1L、DYNLL1、MYC)表达上调,5个(JUN、ZNF331、RORA、TRIM13、PPP1R16B)表达下调。这些差异表达的基因被富集到不同的生物学过程或分子功能的子集中,主要集中在14个方面,在分子功能—蛋白质结合方面富集最显著(GO:0005515),同时主要富集在Inflammatory bowel disease (IBD)、MAPK signaling pathway、Erb B signaling pathway和Colorectal cancer四条通路上。结论:通过对GEO数据库中CHF的表达数据分析研究而筛选出的差异表达基因,可能为该疾病的早期诊断治疗和靶向药物的开发提供重要理论依据。

• 单位
  陕西省人民医院; 中国人民解放军空军军医大学