玉米LEC1基因家族的鉴定与生物信息学分析

作者：刘畅畅; 黄敏^*

来源：甘肃农业科技, 2022, 53(01): 31-37.

• 玉米
• LEC1基因家族
• 生物信息学

LEC基因家族包含LEC1和LEC2,参与植物的生长发育及储藏物质的积累。LEC1(Leafy Cotyledon 1)是NF-YB9蛋白家族的成员,编码了CCAAT-box结合转录因子HAP3(Heme activated protein 3)亚单位。利用生物信息学方法,获得了16个玉米LEC1基因。分析发现,ZmLEC1蛋白大部分都是酸性的不稳定亲水蛋白,含有1个保守结构域CBFDNFYBHMF及10个保守基序。通过与拟南芥LEC1基因和水稻LEC1基因的聚类分析,将玉米LEC1基因家族分为4类:ClassⅠ、ClassⅡ、ClassⅢ、ClassⅣ。经RNA-seq等分析发现,玉米LEC1家族基因具有组织特异性,响应非生物胁迫。启动子分析发现,玉米LEC1基因启动子上含有响应激素和非生物胁迫的顺式作用元件。

• 单位
  长江大学; 生命科学学院