茶树GH3基因家族的鉴定及表达分析

作者：钱因红; 张亚真; 白培贤; 王丽鸳; 成浩; 韦康^*

来源：茶叶通讯, 2020, 47(03): 382-392.

• 茶树
• GH3基因家族
• 生长素
• 生物信息学

Gretchen hagen 3(GH3)属于植物生长素早期响应基因,通过调控生长素的稳态对植物的生长发育起着重要作用。然而,关于茶树GH3基因家族的研究尚缺乏系统报道。本文通过生物信息学的方法,在茶树全基因组数据中鉴定获得20个茶树GH3家族基因(CsGH3),并对其蛋白的理化性质、基因结构、保守基序等进行分析。理化性质分析结果表明,CsGH3基因家族编码的氨基酸分子量为27.5～87.1 kD,理论等电点为4.80～8.49,蛋白质不稳定性指数为32.40～49.58;基因结构分析结果表明,除CsGH3.16没有内含子外,其他CsGH3s都具有2～6个内含子;保守结构域分析结果显示,CsGH3家族主要含有10个Motif,编码的蛋白序列均含有Motif 1、Motif 2、Motif 4和Motif 6保守基序;系统进化树分析结果显示,茶树GH3基因家族可以分为两个亚家族,每个亚族所含基因数分别为 11个和9 个;启动子元件分析结果显示,GH3基因的启动子元件类型主要有激素响应元件、光响应元件、胁迫响应元件以及生长发育相关元件四大类;对茶树GH3基因在8个组织中的表达分析结果显示,20个基因在不同组织中的表达量呈现较大差异,表明这些基因可能在茶树不同的发育阶段起到重要作用。本文为进一步解析单个CsGH3基因的生物学功能提供参考。

• 单位
  中国农业科学院茶叶研究所