中国医疗保险管理体制政府主导的特征决定了府际关系是理解其变迁和改革的重要视角。其中,横向部门间关系是医疗保障整体转型过程中管理体制分割的历史性因素;而统一基本医疗保险管理体制的改革过程则由于中央层级横向部门间分工的模糊导致了纵向上地方政府决策的困境,而最终仍需要通过中央政府决策来解决。未来,医疗保险统筹层次提高与行政机构纵向上职责同构的冲突将成为进一步优化医疗保险管理体制的关键议题。