1株野生鼠诺如病毒的全基因组序列测定及分析

作者：刘蒙蒙; 李利利; 林琳; 王笑峰; 段招军

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2018, 32(02): 176-180.

• 鼠诺如病毒
• 全基因组
• 系统进化分析

目的为确定1株通过高通量测序获得的GV型野生鼠诺如病毒(MNV)变异株的基因组序列特征。方法将在山东地区采集的210只鼠经解剖后收集的肠道内容物和肝脏进行核酸提取,质检合格后送于华大基因进行高通量测序,获得一株GV型野生鼠诺如病毒。设计特异性巢式引物利用RT-PCR方法扩增该病毒全基因组。利用DNAMAN,MEGA5.0软件进行序列比对及系统进化分析。结果获得的GV型野生MNV变异株全基因组长度7 382 bp,与从数据库中选取的30株参考毒株全基因组序列相似度为76.8%78.1%,其中VP1中的高变区P2编码的氨基酸相似度仅为60.9%78.1%,表明该株MNV具有较高的变异率。结论本研究分离出了一株野生鼠诺如病毒,丰富了国内MNV的基因库,其变异特征为了解国内MNV的分子遗传特征及进化来源提供了参考依据。

• 单位
  基础医学院; 山东省疾病预防控制中心; 山东大学; 青岛大学; 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所