本发明公开一种对乙醇耐受性显著提高的集胞藻PCC6803藻株及其构建方法,属于工业微生物领域。本发明通过同源重组的方法对集胞藻PCC6803中的sll0687基因进行敲除,得到一种对乙醇耐受性显著提高的集胞藻PCC6803藻株ISm5。在1.5%(v/v)的乙醇胁迫下,该藻株的生长状态明显优于野生型藻株。本发明得到的乙醇耐受性藻株对构建生产燃料乙醇的基因工程菌具有重要的理论和实际意义,具有广泛的应用前景。