基于三代重测序技术的‘牛肉红朱橘’和‘朱红橘’全基因组变异分析

作者：王小柯; 罗怿; 林乾; 李文云; 解璞; 郑乾明

来源：分子植物育种, 2022, 1-13.

• 三代测序技术
• 牛肉红朱橘
• 朱红橘
• 结构变异分析

为揭示‘牛肉红朱橘’(Citrus reticulata Blanco. ‘Niurouhong’， NRH)和亲本‘朱红橘’(Citrus reticulata Blanco. ‘Zhuhongju’， ZHJ)间的基因组结构变异，利用三代Nanopore测序技术对二者进行全基因组重测序。本研究共获得46.70 Gb的Clean reads，与克里曼丁参考基因组比对，样本的平均比对率、平均测序深度和基因组至少一个碱基的覆盖度分别为97.78%、60×和98.12%。检测到结构变异(Structure Variation， SV)分别有57 822个和62 128个，变异类型主要是缺失和插入，大部分为100～1 000 bp的短片段变异，少部分为10 000 bp以上的大片段变异。分析二者间的结构变异，差异SV位点有9 414个，注释到30 726个基因，KEGG富集显示差异基因主要集中在植物激素信号转导途径、氨基酸代谢途径、类胡萝卜素生物合成途径及生物碱合成途径等。本研究结果表明，‘牛肉红朱橘’和‘朱红橘’之间的基因组差异可为分子标记开发提供数据支持，同时也为‘牛肉红朱橘’的品种鉴定及重要农艺性状遗传改良提供研究基础。

• 单位
  贵州省农业科学院