牦牛miR-383的靶基因预测及生物信息学分析

作者：周学兰; 吴晓云; 梁春年; 郭宪; 丁学智; 褚敏; 阎萍^*

来源：基因组学与应用生物学, 2021, 40(03): 999-1006.

DOI：10.13417/j.gab.040.000999

• miR-383
• 牦牛
• 靶基因
• 生物信息学

MicroRNAs (miRNAs)是一类非编码的小分子单链RNA,通过与靶基因的m RNA结合,抑制m RNA的翻译,参与多种生物学过程。本实验室前期通过高通量测序发现90日龄牦牛胚胎的背最长肌中miR-383的表达量显著高于成年牦牛。为探究miR-383在牦牛骨骼肌发育中的分子功能和机制,本研究对miR-383的靶基因进行预测,并进行生物信息学分析。通过TargetScan、miRDB和miRanda 3个软件预测了miR-383的靶基因,然后合并miRTarbase数据库中已被证实的靶基因作为基因集,分别用DAVID和KOBAS3.0在线软件对基因集进行功能注释(GO分析)和Pathway信号通路富集分析。结果表明,牦牛miR-383序列在各物种间高度保守,靶基因功能富集于CD8阳性T细胞增殖的调控、核糖核蛋白复合物定位和负调控T细胞分化等生物学过程。信号通路分析发现靶基因的信号通路显著富集于PI3K-Ak、AMPK、FoxO和Focal adhesion等与肌肉发育相关的信号通路中。该研究结果将为miR-383功能及调控机制的深入研究提供参考依据,也为解析牦牛肌肉发育的分子机制提供新的研究方向。

• 单位
  草地农业科技学院; 兰州大学; 草地农业生态系统国家重点实验室; 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所