不明原因复发性流产中铁死亡的生物信息学分析及验证

作者:张凤; 覃颖; 廖玉萍; 苏莎; 谭雪梅; 周卓琳; 黄世金; 钟琳琳; 冯春泉*; 庞丽红*
来源:广西医科大学学报, 2023, 40(05): 843-849.
DOI:10.16190/j.cnki.45-1211/r.2023.05.019

摘要

目的:探究铁死亡关键基因在不明原因复发性流产(URSA)发生发展中的作用,初步确定潜在生物标志物。方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载数据集GSE26787,利用GEO2R筛选差异表达基因(DEGs);从FerrDb V2数据库下载铁死亡相关基因;DEGs与铁死亡基因取交集获得URSA铁死亡相关基因;利用DAVID数据库对URSA铁死亡相关基因进行基因本体(GO)富集及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;利用String数据库和Cytoscape软件分析蛋白互作网络,筛选Hub基因;采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测Hub基因在人工流产组及URSA组患者蜕膜组织中mRNA的表达水平。结果:共筛选出55个URSA铁死亡基因;GO功能富集提示URSA铁死亡相关基因主要在自噬调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录正调控、膜的整体组分、酶及p53蛋白受体结合富集。KEGG通路分析显示URSA铁死亡基因富集最明显的为FoXO信号通路。采用String数据库及Cytoscape软件筛选出的URSA铁死亡关键基因分别为EGFR、SRC、KRAS、MDM2。RT-qPCR检测结果显示,EGFR、SRC、MDM2在URSA组中的表达均低于人工流产组(均P<0.05);KRAS在URSA组和人工流产组中表达无统计学差异(P>0.05)。结论:铁死亡相关基因EGFR、SRC、MDM2可作为诊治URSA的潜在生物标志物。

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