基于生物信息学筛选缺血性卒中关键基因与通路

作者：张闻倬; 赵思晴; 陶霖; 周小询; 冯旭; 侯晓雯^*

来源：沈阳医学院学报, 2023, 25(05): 502-514.

DOI：10.16753/j.cnki.1008-2344.2023.05.012

• 缺血性卒中
• GEO数据库
• 生物信息学

目的：筛选缺血性卒中的差异表达基因及重要信号通路，为探索缺血性卒中的发生机制提供理论依据。方法：下载GEO数据库中有关缺血性卒中的基因测序，依照纳入标准筛选满足条件的数据集。用R软件对数据进行分析处理，获得有差异表达的基因；通过String数据库构建蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络；通过KOBAS数据库完成GO功能和KEGG富集分析。结果：筛选出缺血性卒中芯片数据GSE146882和GSE198710，二者有29个共同的差异表达基因，其中表达上调的基因有23个，表达下调的基因有6个。PPI网络构建结果显示，相互关联最紧密的6个基因分别为CXCL8、MYL6、RGS18、CPA3、AOAH和SUCLG2。富集分析结果提示，信号通路主要富集于代谢、蛋白质消化和吸收、氧化磷酸化等重要通路。结论：基于GEO数据库筛选出了与缺血性卒中可能相关的29个差异表达基因，并完成了PPI网络构建和功能富集分析，为探索缺血性卒中的机制提供了理论依据。

• 单位
  公共卫生学院; 沈阳医学院