同程组织机构的设置属扁平型机构设置,体现出"以人为本,以产品为主"的机构设置理念。职能部门的设置相对简单,主要以解决员工日常生活以及培训、晋升、职业规划等工作上的问题为主旨。业务部门设置以事业部制为基础,以产品为主线,依据产品研发、产品运营、产品营销、产品反馈的流程进行部门设置。在产品运营中同程国旅、同程网络、创新中心各有侧重,共同构成较完整的全面产品运营体系。