基于生物信息学的脑胶质瘤预后风险长链非编码RNA筛选

作者：俞盛健; 麻怀露; 陈王洋; 丁晓飞; 陈光; 梁勇^*

来源：温州医科大学学报, 2020, 50(03): 199-205.

DOI：10.3969/j.issn.2095-9400.2020.03.007

• 脑胶质瘤
• TCGA数据库
• GTEx数据库
• 长链非编码RNA
• mRNA
• Cox分析

目的:应用生物信息学方法筛选脑胶质瘤的预后风险长链非编码RNA(lncRNA)。方法:从开放的癌症基因图谱(TCGA)和基因型组织表达(GTEx)数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据,采用R语言比较分析脑胶质瘤和正常脑胶质样本差异表达基因,使用Cox分析构建风险模型,通过DAVID基因功能和KEGG通路数据库对差异表达基因进行功能注释和通路富集分析。利用qPCR评价HOXA-AS2的表达量与脑胶质瘤的临床组织特征之间的关系。结果:通过比较分析脑胶质瘤样本和正常脑组织样本基因组表达数据,获得差异表达的lncRNA 424个(211个上调,213个下调),mRNA 3 827个(1 618个上调,2 209个下调)。构建了包含9个lncRNA的风险模型,参与介导的信号转导通路主要集中于免疫缺陷病毒感染,神经信号转导等相关通路。qPCR方法验证HOXA-AS2在脑胶质瘤中高表达。结论:筛选出HOXA-AS2可能是脑胶质瘤的预后风险lncRNA,为后续脑胶质瘤的机制研究提供参考依据。

• 单位
  第一临床医学院; 河北北方学院; 台州学院; 温州医科大学