针对张家港某河道水色异常事件,通过高通量测序技术结合显微镜鉴定结果,判断引起河道生态污染的微生物种类,并分析引起该事件的原因。通过Illumina测序,对河道的原核生物及真核生物分别进行测序,真核生物量较多且群落组成较为单一,原核生物量相对较少且群落分布较为均匀,与显微镜检测结果一致。对获得的OTU进行物种注释,得到引起河道生态污染的主要微生物为Pedospumella encystans。本研究为水生态监测提供了新的视角,也证明高通量测序技术在水生态监测中具有较好的应用潜力。