随着"大众创业、万众创新"风潮的兴起,科技型中小企业正在逐渐成为创新驱动的主体,但由于其在能力、资源等方面与大型企业差距较大,要想在市场竞争中占据有利地位,就必须学会集中自己的独特优势,在分工的基础上,依靠外部资源和能力共同发展。文章以科技型中小企业技术创新系统为研究对象,通过对影响其运行的关键因素进行分析,总结出科技型中小企业创新系统的运行机制,为促进企业之间的共赢、集群的持续发展和推进区域经济增长提供了合理化建议。