基于生物信息学分析TK1在HCC中的表达及其临床意义

作者：李文科; 何佳; 邓鑫^*

来源：西南国防医药, 2020, 30(04): 285-289.

• 肝细胞癌
• 胸苷激酶1
• 数据库
• 生物信息学

目的基于肿瘤数据库,挖掘分析胸苷激酶1(TK1)基因在肝细胞癌(HCC)表达情况,并结合生物信息学方法 ,探讨TK1参与HCC的潜在机制。方法 GEPIA分析HCC基因芯片数据中TK1及核心基因mRNA表达。利用Kaplan-Meier plotter分析HCC组织中TK1及核心基因mRNA表达与患者预后的关系。利用LinkedOmics和cBioPortal分析并获得HCC中与TK1相关的共表达基因集。利用WebGestalt对基因集作GO和KEGG通路富集分析。利用String数据库构建基因集蛋白互作网络(PPI),利用Cytoscape筛选PPI中的核心基因。结果 TK1 mRNA在HCC组织表达显著高于癌旁组织(P <0.01),TK1高表达可显著降低患者总生存时间(P <0.01)。LinkedOmics和cBioPortal分析各得到TK1共表达基因248个和245个,利用VENNY2.1获得交集基因212个。GO分析显示,生物学过程方面TK1共表达基因主要与细胞周期、DNA修复、DNA代谢等相关,细胞组成方面主要与染色体凝缩等相关,分子功能方面主要与DNA的催化活性、核苷-三磷酸酶活性等相关。KEGG通路分析显示,TK1共表达基因主要参与DNA复制、细胞周期、错配修复、同源重组、P53信号途径、细胞衰老等过程。PPI分析显示,CDK1等10个基因是TK1共表达相关核心基因,经验证核心基因均在HCC中高表达,并且高表达核心基因的患者生存时间显著下降。结论生物信息学分析可获得TK1在HCC中表达情况,为探索TK1参与肝细胞癌的机制提供数据支持。

• 单位
  西南医科大学; 重庆医科大学附属永川医院