建立和完善我国高校二级学院治理结构,是推动高等教育治理体系和治理能力现代化的现实需要和重要环节。文章总结了教育部试点学院的改革经验,针对现阶段学院治理中存在的外部治理权力有限、内部治理不完善等问题,提出我国高校二级学院治理要坚持依法治校理念,建立科学系统的学院制度体系;厘清院系权责边界,积极营造良好学院外部发展环境;构建协同治理结构,激发学院内生动力凝聚发展合力的优化路径。